Имеет большой практический опыт работы в социальной сфере. В ее профессиональной копилке опыт общения с детьми-инвалидами и их родителями, подростками, семьями, оказавшимися в трудной жизненной ситуации. Ежегодно Елена Александровна участвует в организации и проведении более 40 мероприятий разного уровня. На ее счету 23 разработанных и успешно реализованных проекта. Агафоновой Е.А. разработана и реализована социальная практика «Информационная акция «Курьеры безопасности» с использованием аутрич-технологии, которая в 2021 году отмечена Дипломом лидера Всероссийской акции «Добровольцы детям» в номинации «Объединяя усилия».
В 2022 году Елена Александровна стала победителем в региональном этапе Всероссийского конкурса профессионального мастерства в сфере социального обслуживания в Вологодской области в специальной номинации «За созидание и долголетие в профессии» и победителем Сокольского муниципального района в номинации «Лучший по профессии».